A Movie ott folytatódik ahol az animének vége lett. A fiúk felnőttek, Alphonse a mesternél tanul, minden álma hogy visszahozza bátyját, bármi áron. Edward a másik világban marad,ahol most Hitler próbál hatalomra törni. Egy kis történelem *pont Ő mondja, aki szinte mindig puskázik belőle*. Edward találkozik egy fiúval, aki pont úgy néz ki mint Alphonse. Al most tizenkét éves, visszakapta a testét, de egyáltalán nincsenek emlékei az elmúlt évekről. Edward, nem kapta vissza  kezét és a lábát a másik világban az apja készít neki "automaileket".

A történetben találkozhatunk egy lánnyal, a zsidóüldözések korában járunk, ahol a zsidók után a romákat is keményen üldözik. Egy cigánylányt, -aki látónak vallja magát- el akarják adni, e az megszökik, it találkozik Edwardal és ketten menekülnek. Összebarátkoznak és együtt kalandozak. A lányt felkeresik Hitler emberei akik el akarnak jutni Shambalaba, és ezért bármit megtesznek. Shamballa az a világ ahonnan Ed származik. A másik oldalról Al megnyitja az átjárót Wrath és Gluttony segítségével, (transzmutálja őket) Végre találkozik a bátyjával, és megnyugszik. A második világháború kitörni készül, ahol Ed lakik. Veszélyes fegyverek kifejlesztésés dolgoznakés Shambalaból akarnak hozzá anyagokat szerezni. ...ugorjunk egy kicsit nagyon előre, mert nem akar nagyon spoilerezni.

Szóval a történet végén Edward és Alphonse együtt élnek és a nagyvilágban utazgatnak mit régen.